犯罪が蔓延る街を守っているのは、いわゆるスーパー・ヒーローだと思われている——現代。
高校生のモモチは、親友のトラに頼らなければいつも何もできない。そんな自分に劣等感を感じ、己の弱さにコンプレックスを抱いていた。
しかしある日、トラが犯罪者による事故に巻き込まれ意識不明の重体に陥る。親友を救うためヒーローに直訴するモモチだが、どうも様子がおかしい。なんと犯罪者との戦いからモモチを救ってくれたのは、ヒーローではなく——現代の忍者だった......！
——「どうやら忍者に、君は向いてるみたいだ」
平凡な少年は、忍者として非凡な才能を開花させていく！ 最強忍務SPYアクション開幕！